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Rete Natura 2000 è una "rete ecologica europea", nata per garantire la tutela di habitat e specie di flora e fauna in aree di particolare pregio ambientale, tra cui i cosiddetti S.I.C. (Siti di Importanza Comunitaria). La creazione di questa rete è prevista dalla Direttiva europea n° 43 del 1992 (nota come "Direttiva Habitat"), che ha come obiettivo principale la tutela della biodiversità sul territorio dell'Unione Europea. L'Italia ha partecipato alla creazione della Rete Natura 2000 avviando uno specifico progetto, nell'ambito del quale la Regione Liguria ha individuato nel proprio territorio ben 124 S.I.C.. Il numero elevato di siti è dovuto alla grande varietà di ambienti naturali della regione, che si traduce in una moltitudine di specie animali e vegetali, che fanno della Liguria uno dei territori maggiormente ricchi in biodiversità a livello europeo.
I siti di Rete Natura 2000 compresi in tutto o in parte nel territorio del Parco sono 3:
All'Ente Parco è affidato il compito di garantire la conservazione degli habitat e delle specie presenti nei S.I.C., anche al di fuori dei confini del Parco Naturale.
In futuro è previsto che i S.I.C. del Parco, incluse le porzioni ad esso esterne, siano tutelati attraverso uno specifico Piano di Gestione, la cui stesura sarà di competenza dell'Ente Parco.